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La Encrucijada es el nombre que le dio Miguel Álvarez del Toro, naturalista mexicano que impulsó el conocimiento de la fauna del estado de Chiapas. Inspirado por la biodiversidad y los paisajes del islote llamado “La Encrucijada”, actualmente denominado Koakespala. Fue incorporada a la Red Mundial de Reservas de Biosfera de la UNESCO en 2006, por su riqueza de especies de flora y fauna, el uso de los recursos naturales por las comunidades locales y por tratarse de una zona de regulación de recursos hidrológicos. Es además, un humedal de importancia internacional para las aves, sitio Ramsar desde 1996.

Cuenta con la última población de Monos Araña en la costa del Pacífico en México (Ateles geoffroyi) y es el hábitat de la comunidad más importante de mamíferos (93 especies) de la costa de Chiapas. 

En la reserva de biosfera crece el único bosque de zapotonales (Pachira acuatica) en México, esta comunidad vegetal se caracteriza por tener cerca de 20 m de altura, adaptada a la vida semiacuática, ocupando terrenos pantanosos, formando un bosque flotante en un falso piso de materia orgánica producida y retenida.

Alberga los manglares más altos en México, alcanzan una altura de 20 a 35 m. Las cuatro especies de mangle presentes son mangle rojo (Rizophora mangle), mangle negro (Avicennia germinans), mangle blanco (Laguncularia racemosa) y mangle botoncillo (Conocarpus erectus), se encuentran en la categoría de Amenazada en México. 

Proporciona sitios de alimentación, refugio y reproducción a 68 especies de murciélagos, 13 se encuentran inscritas bajo alguna categoría de riesgo. Son de interés de conservación nacional o regional para la polinización de numerosas especies de flora y el control de insectos para el funcionamiento del ecosistema.

Dentro de la Reserva habitan 64 comunidades humanas que dependen de los recursos naturales del área para su subsistencia. Desarrollan actividades productivas como la agricultura, la ganadería y la pesca, también prestan servicios turísticos, a los visitantes locales nacionales y extranjeros.

as comunidades actuales realizan un aprovechamiento tradicional de palma real (Sabal mexicana), mangle rojo (R. mangle) y blanco (L. racemosa) como combustible, construcción y reconstrucción de sus viviendas, refugios provisionales, postes para encierros rústicos para la crianza del camarón y para plantar sus redes dentro del agua.

l Programa MAB de la UNESCO, en colaboración con la CONANP, ha puesto en marcha un proyecto de conservación y restauración de manglares en la Reserva de Biosfera de La Encrucijada. Financiado por el Gobierno de Flandes del Reino de Bélgica y apoyado por el Organismo Autónomo de Parques Nacionales (OAPN) de España.

El proyecto MangRes evaluará el estado actual de los ecosistemas de manglar y diseñará acciones de conservación y restauración basadas en la evidencia científica y en el conocimiento local e indígena para cumplir con los objetivos del Decenio de las Naciones Unidas para la Restauración de los Ecosistemas (2021-2030).