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« Il est certain que la formulation et le contenu de la déclaration de la Confédération de Varsovie du 28 janvier 1573 étaient tout à fait exceptionnels par rapport aux conditions de l’époque en Europe ; les principes de la vie religieuse de la République se sont basés sur cette déclaration durant deux cents ans ». (Norman Davies)

La mort du dernier roi de la dynastie des Jagelloniens (le 7 juillet 1572) est survenue alors que la réforme du système politique n’était pas encore achevée. Pour aggraver encore la situation, il s’avère qu’à cette époque, aucune mesure juridique n’avait été prise pour permettre à l’Etat de fonctionner, de manière efficace, lors de l’interrègne, c’est-à-dire en absence de roi. La fin de la lignée de la dynastie Jagellonienne est devenue un vrai défi pour l’Union de Lublin, récemment renforcée, entre la Pologne et la Lituanie.

On craignait alors que les tendances séparatistes prédominent, tout particulièrement en Lituanie, et que l’intégrité de l’Etat soit menacée. Par ailleurs, l’élection de deux dirigeants et celle d’un candidat inapproprié auraient pu mettre en danger la stabilité religieuse du pays ; ce qui constituait une autre menace. L’approbation de la Confédération de Varsovie a empêché une crise politique. Afin de maintenir l’ordre juridique existant, il fallait faire en sorte que les citoyens se conforment, de manière inconditionnelle, à toute décision prise par un corps dirigeant. Voici comment se caractérisait l’assemblée générale qui s’est tenue à Varsovie en janvier 1573 et qui a approuvé la confédération. La confédération a créé une base juridique pour un nouveau système politique et dans le même temps, elle a sécurisé l’unité de l’Etat qui comptait depuis des générations par des hommes d’origines ethniques et de confessions différentes (Polonais, Lituaniens, Russes, Allemands, Géorgiens et Juifs). La vie religieuse de la Pologne de la fin du 16ème siècle, située entre Moscou, la Turquie et une Europe de l’Ouest déchirée par des guerres de religion, revêtait un caractère tout à fait exceptionnel. Ce pays est devenu ce que le Cardinal Hozjusz a appelé « un refuge pour les hérétiques ». C’était, en effet, là que les sectes religieuses les plus radicales tentant d’échapper à la persécution dans d’autres pays du monde chrétien venaient se réfugier. En Pologne, toutes les sectes religieuses appréciaient, en effet, cette tolérance voulue par le roi. La confédération légalisa officiellement cette situation et introduisit la règle de co-existence pacifique pour les nobles de toutes confessions.